幻影忍者们在数码世界中遭遇重大危机，赞正面临着失去记忆，再也不能醒来的危险！忍者们为了救回赞，而进入了赞大脑中的数码世界，试图解开忍者之谜，在那里电子黑暗之王正利用忍者们的记忆攻击他们幻影忍者们能否在共同的记忆中找到办法战胜电子黑暗之主，从而拯救赞呢？…
